在Python中对VTU文件进行体素化处理

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我怎样才能使所附的 vtk 替换代码0]。 python ?理想情况下，我想定义区域 (xmin=-9, xmax=9) 和 (ymin=-9, ymax=9) 以及像素的数量（例如每个方向的 (256,256) ），并将该区域提取到像素网格上并存储在文件中（填充空洞区域）。

VTUfile

以下是我将文件读入polyData的方法

import vtk
# Read the source file.
reader = vtk.vtkXMLUnstructuredGridReader()
reader.SetFileName("internal.vtu")
reader.Update()  
polydata = reader.GetOutput()
我怎样才能将polydata转换成具有上述细节的文件？


         1
         
         个评论


           
            Ashkan Rafiee
           
           ：


           
            @stovfl 谢谢，但那个帖子是不同的。这里我处理的是一个非结构化的网格VTK文件。我的问题还包括定义从vtu文件中提取数据的区域，还有gving像素的分辨率。它更多的是关于体素化（但在二维）。


         python


         pixel

vtk


        
         
         
          Ashkan Rafiee
         
        
        
         发布于
         
         2020-05-10


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        个回答


          
           
           
            Nico Vuaille
           
          
          
           发布于
           
           2020-05-11


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           Answer in pure VTK
          
          
           You should use the
           
            vtkResampleToImage
           
           filter.
           
            https://vtk.org/doc/nightly/html/classvtkResampleToImage.html
           
           (该文档是面向C++的，但在Python中的方法是一样的。)
          
          
           供你参考，你的阅读器的输出是一个vtkUnstructuredGrid对象。polydata是另一种用于三维表面对象的vtk数据集。更多信息请看这里。
           
            https://lorensen.github.io/VTKExamples/site/VTKFileFormats/#dataset-format
           
          
          import vtk
reader = vtk.vtkXMLUnstructuredGridReader()
reader.SetFileName("/home/nicolas/Tmp/discourse/internal.vtu")
reader.Update()
toImage = vtk.vtkResampleToImage()
toImage.SetInputConnection(reader.GetOutputPort())
toImage.SetUseInputBounds(False)
toImage.SetSamplingDimensions(256,1,256)
toImage.SetSamplingBounds(-9, 9, -0.1, 0, -9, 9)
toImage.Update()
imageData = toImage.GetOutput()
imageData.GetPointData().SetActiveScalars("U")
# Visualization
mapper = vtk.vtkDataSetMapper()
mapper.SetInputConnection(toImage.GetOutputPort())
actor = vtk.vtkActor()
actor.SetMapper(mapper)
renderer = vtk.vtkRenderer()
renderWindow = vtk.vtkRenderWindow()
renderWindow.AddRenderer(renderer)
renderWindowInteractor = vtk.vtkRenderWindowInteractor()
renderWindowInteractor.SetRenderWindow(renderWindow)
renderer.AddActor(actor)
renderWindow.Render()
renderWindowInteractor.Start()
# Write to file 
writer = vtk.vtkXMLImageDataWriter()
writer.SetFileName(filename)
writer.SetInputData(imageData)
writer.Write()


           
            
             有趣的是，我在vtkResampleToImage过滤器中得到 "浮点异常"。如果我设置SetSamplingDimensions(256,2,256)，它就会工作，而且我不会得到你展示的图片中的红色像素。有什么想法吗？


           
            
             Nico Vuaille
            
            ：


           
            
             哪个版本的VTK？我在新的9.0.0版本中没有这个问题。


           
            
             I've got version 8.1.2


          
           
            不知道这是否有帮助，我有一个类似的问题，使用
            
             vtkplotter
            
            recently which might turn useful to you:
           
           from vtkplotter import *
import numpy as np
g = load('internal.vtu')
g.pointColors("p", cmap='terrain')
pts = g.points()
field = g.getPointArray('U')
ars = Arrows(pts-field/5, pts+field/5, c='k')
zpr = np.linspace(-15,15, num=25)
probes = np.c_[np.zeros_like(zpr)-10, np.zeros_like(zpr), zpr]
str_lns = streamLines(g, probes, activeVectors='U', maxPropagation=60, lw=2)
str_lns.pointColors(cmap='jet')
str_lns.GetProperty().LightingOff()
str_lns.mapper().SetResolveCoincidentTopologyToPolygonOffset()
show(g, ars, Points(probes), str_lns, elevation=90)
vol = interpolateToVolume(g, dims=(50,2,50), bounds=(-9,9,0,0,-9,9))
# vol.imagedata() # retrieves the vtkImageData obj
lego = vol.legosurface(cmap='terrain')
show(lego, newPlotter=True, elevation=90)