Convert使用说明:可以批量 转 化各种 格式 的分子 文件 ，像 mol2 ,sdf, pdb 等等。 实现的了分子名称的对应 转 化的目标，如a. mol2 转 化成sdf 格式 后变成a.sdf,以此类推。 实现了目录独立性，不要再去粘贴convert.exe的 文件 了。 可以设置系统的环境变量 Open Babel 是化学领域常用的一个 文件 格式 转换 工具，它可以支持xyz的坐标 格式 、SMILES表达式、InChI表达式和 mol 以及 mol2 等 格式 之间的互相 转 化。比如说，你只有一个甲烷的SMILES表达式C，那么你就可以使用 Open Babel 将其 转 化成一个 mol2 文件 ，这样就可以用vmd等工具进行分子的可视化(参考这篇博客)。 O BABEL 的安装 O BABEL 的安装方式有两种，一种... 目录绿原酸酯 与 calb 共价docking目标1. 结构准备2. 结构预处理3. Generate the alignment for ligand4. 生成 PDB QT 文件 5. 生成 flexible/rigid PDB QT 文件 6. 生成 gpf 和 dpf 文件 7. AutoGrid and AutoDock8. 查看结果HEE 与 绿原酸酯 结构对比绿原酸酯在活性部位的两种可能取向9. 如何去测试想法呢？cmd命令与操作问题1. protein. pdb 文件 中的待docking残基2. liga autoduck vina教程 http://vina.scripps.edu/tutorial.html（需要科学上网） https://www.bilibili.com/video/av44948050/ （B站，直接可看） 参考教程做法即可以完成基本的蛋白质与小分子的配对操作，以下部分是关于教程当中没有详细说明的部分进行一点补充。 PDB QT 在进行操作的时候，首先需要使用 autoDuck ... 转 载于https://mp.weixin.qq.com/s/VDN1qAZGI Mol 6prwQW4umw Docking非原生配体 在前面的例子中，AutoDock Vina能把配体构象调整到几乎原生的构象，验证了这一预测方法的准确度。下面，我们尝试docking另外一个配体药物nelfinavir奈非那韦，来展示如何寻找小分子在蛋白内的结合位点。这个过程可以进一步地凝练和扩... 使用命令行模式的 Open Babel 2.4 .1 转换 分子结构 文件 作者：shims通过Windows系统下的图形界面 转换 分子结构 文件 是非常方便的，不过在Linux系统下面是用图形界面不太常用，特别是远程连接的时候调用图形界面是相对缓慢的过程。同时在一些批量处理过程中使用命令行模式是简便快捷的。在成功安装了 Open Babel 2.4 .1的Linux系统上，如果设置了环境变量，那么可以直接通过命令 babel 调... 对于蛋白，使用 pdb 2gmx运行得到的每个原子的电荷，基本上是正确的，可以不用检查以及修改。但是对于小分子来说，根据力场的不同，生成itp的方法也不同，有些方法生成的原子电荷是错误的或者是加起来不是0或该分子所带的电荷总量。对于这种情况，我们就需要手动进行电荷的修改。在此之前，我们得计算出该分子的电荷。对于模拟刚性分子的情况，MK和CHELPG电荷都非常适合，不需要考虑其它原子电荷计算方...