科研画图都用什么软件?
2021.04.15日更新~
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概念图可使用 R ggplot2的扩展包、linkscape、Adobe Illustrator ,参考之前的两篇文章:
先介绍几个,有人感兴趣了,再写写其它的
目录:
1、origin
2、Python
- Matplotlib
- seaborn
- plotnine
3、R
- ggplot2
- R内置绘图函数
- R ggplot2扩展包
1、origin
读书那会儿,写毕业论文用的是origin,那时候只会画条形图,散点图等简单图,哈哈,现在再看这个软件,发现真心强大:
2、Python
工作后做过一段时间 生信科研服务 ,有一部分工作就是辅助科学院,高校老师,硕博做生信数据挖掘,然后将结果可视化展现出来,以便于 发SCI文章、申请课题 等。这时候主要用到 R语言 和 Python ,所以需要懂点简单的编程:
- Matplotlib
提到Python可视化, Matplotlib 肯定是绕不过去的,为Python的第一个可视化库,社区非常活跃,非常适合绘制高度个性化的图形,适合搞开发,想改哪就可以改哪,
- Seaborn
Matplotlib虽然可以为所欲为的个性化绘图,但是需要写一堆代码,不够友好,这时候Seaborn可以出山了,Seaborn是Matplotlib的高级封装版,Seaborn经常一行代码就能搞定一个很复杂的图
,例如下面这个图,一行代码即可摆平~
g = sns.pairplot(pd_iris,
hue='class',
palette=['#dc2624', '#2b4750', '#45a0a2'],#使用传入的颜色list
)
感兴趣可以看看之前写的多篇关于Matplotlib及Seaborn的文章
Matplotlib\Seaborn官网demo可以看看
- plotnine
如果你既是R语言ggplot2的忠实粉丝,又想用Python,不用急,plotnine专门为你量身开发,该包完全照搬ggplot2语法,看一个简单的小例子
print(ggplot(mpg, aes('cty', fill='class')) + geom_bar())#堆叠barplot
之前一篇详细介绍plotnine的文章:
plotnine官方demo了解一下~
3、R
- R内置绘图函数
R无需过多介绍,最擅长统计和可视化了,世人皆知道ggplot2,却不知道R内置的作图函数也能绘制出很多不错的图形。
读过一本书,书中有详细的介绍内置绘图函数:
- R ggplot2
基于图层图形语法,想要什么往上堆图层
- R ggplot2扩展包
一些前辈们出于一些特殊用途,在ggplot2的基础上开发了多个扩展包,罗列部分:
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