科研画图都用什么软件?

在看一些文章的时候,经常感觉有些概念图画的非常精致漂亮,但是不知道是用什么软件画的,各位大神都习惯使用什么样的软件呢
关注者
10,323
被浏览
3,860,208
登录后你可以
不限量看优质回答 私信答主深度交流 精彩内容一键收藏

2021.04.15日更新~

物种概念图,R绘制

Python、R详细教程免费阅读见 公众号 pythonic生物人

概念图可使用 R ggplot2的扩展包、linkscape、Adobe Illustrator ,参考之前的两篇文章:

该图引自B站良心up:Panda科研绘图,违规请通知删除

先介绍几个,有人感兴趣了,再写写其它的

目录:

1、origin

2、Python

  • Matplotlib
  • seaborn
  • plotnine

3、R

  • ggplot2
  • R内置绘图函数
  • R ggplot2扩展包

1、origin

读书那会儿,写毕业论文用的是origin,那时候只会画条形图,散点图等简单图,哈哈,现在再看这个软件,发现真心强大:


2、Python

工作后做过一段时间 生信科研服务 ,有一部分工作就是辅助科学院,高校老师,硕博做生信数据挖掘,然后将结果可视化展现出来,以便于 发SCI文章、申请课题 等。这时候主要用到 R语言 Python ,所以需要懂点简单的编程:

  • Matplotlib

提到Python可视化, Matplotlib 肯定是绕不过去的,为Python的第一个可视化库,社区非常活跃,非常适合绘制高度个性化的图形,适合搞开发,想改哪就可以改哪,

  • Seaborn

Matplotlib虽然可以为所欲为的个性化绘图,但是需要写一堆代码,不够友好,这时候Seaborn可以出山了,Seaborn是Matplotlib的高级封装版,Seaborn经常一行代码就能搞定一个很复杂的图
,例如下面这个图,一行代码即可摆平~

g = sns.pairplot(pd_iris,
                 hue='class',
                palette=['#dc2624', '#2b4750', '#45a0a2'],#使用传入的颜色list
                )

感兴趣可以看看之前写的多篇关于Matplotlib及Seaborn的文章

Matplotlib\Seaborn官网demo可以看看

  • plotnine

如果你既是R语言ggplot2的忠实粉丝,又想用Python,不用急,plotnine专门为你量身开发,该包完全照搬ggplot2语法,看一个简单的小例子

print(ggplot(mpg, aes('cty', fill='class')) + geom_bar())#堆叠barplot

之前一篇详细介绍plotnine的文章:

plotnine官方demo了解一下~


3、R

  • R内置绘图函数

R无需过多介绍,最擅长统计和可视化了,世人皆知道ggplot2,却不知道R内置的作图函数也能绘制出很多不错的图形。

读过一本书,书中有详细的介绍内置绘图函数:

  • R ggplot2

基于图层图形语法,想要什么往上堆图层

  • R ggplot2扩展包

一些前辈们出于一些特殊用途,在ggplot2的基础上开发了多个扩展包,罗列部分:

推荐阅读

pythonic生物人:Python可视化笔记43篇合集(建议收藏)

pythonic生物人:从哪些方面着手提高Python?Python社区“老司机们”的这本书讲清楚了!

Python 从入门到精通推荐看哪些书籍呢?

你所读的统计学方向,有哪些不错的讲义(Notes)?

你是如何自学R语言的?

pythonic生物人:13个高清图助快速上手Python: NumPy/Pandas/SciPy/Matplotlib?

有哪些你看了以后大呼过瘾的数据分析书?

pythonic生物人:丰富的Python可视化“武器库”:从PyViz到Matplotlib

GitHub上都有哪些值得关注学习的R开源项目?

机器学习、数据科学 如何进阶成为大神?

作为一个研究生,有哪些你直呼好用的科研神器?

作为统计的博士生,你都读过哪些对你影响深远的统计书籍?

欢迎关注 @pythonic生物人

编辑于 2023-08-31 08:17 ・IP 属地上海