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python run_ner.py \
    --do_train=true \
    --do_eval=true \
    --vocab_file=vocab.txt \
    --bert_config_file=bert_config.json \
    --init_checkpoint=model.ckpt-1000000 \
    --num_train_epochs=10.0 \
    --data_dir=NCBI-disease/ \
    --output_dir=epoch1

2019-08-04 23:26:41.272281: W tensorflow/core/framework/op_kernel.cc:1401] OP_REQUIRES failed at save_restore_v2_ops.cc:184 : Not found: model.ckpt-1000000.data-00000-of-00001; No such file or directory
  File "/Users/anaconda/envs/BIOBERT/lib/python3.6/site-packages/tensorflow/python/client/session.py", line 1328, in _do_run
    run_metadata)
  File "/Users/anaconda/envs/BIOBERT/lib/python3.6/site-packages/tensorflow/python/client/session.py", line 1348, in _do_call
    raise type(e)(node_def, op, message)
tensorflow.python.framework.errors_impl.NotFoundError: model.ckpt-1000000.data-00000-of-00001; No such file or directory
     [[node checkpoint_initializer_161 (defined at run_ner.py:422) ]]

python run_ner.py \
    --do_train=true \
    --do_eval=true \
    --vocab_file=vocab.txt \
    --bert_config_file=bert_config.json \
    --init_checkpoint=model.ckpt-1000000.data-00000-of-00001 \
    --num_train_epochs=10.0 \
    --data_dir=NCBI-disease/ \
    --output_dir=epoch1

  File "/Users/anaconda/envs/BIOBERT/lib/python3.6/site-packages/tensorflow/python/pywrap_tensorflow_internal.py", line 326, in NewCheckpointReader
    return CheckpointReader(compat.as_bytes(filepattern), status)
  File "/Users/SichengZhou/anaconda/envs/BIOBERT/lib/python3.6/site-packages/tensorflow/python/framework/errors_impl.py", line 528, in __exit__
    c_api.TF_GetCode(self.status.status))
tensorflow.python.framework.errors_impl.DataLossError: Unable to open table file ./model.ckpt-1000000.data-00000-of-00001: Data loss: not an sstable (bad magic number): perhaps your file is in a different file format and you need to use a different restore operator?

python run_ner.py \
--do_train=true \
--do_eval=true \

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