关于xarray无法提取nc文件的变量数据，出现NetCDF: HDF error的解决方案

盐纠森

一、问题描述:

我在Anaconda Spyder中写入下述几行简单的代码，读取NC文件中的变量，运行成功；但是当我进一步提取变量信息时，却出现NetCDF: HDF error的报错。

#### 环境声明
# Windows 10
# Python 3.9.13
########################
# xarray version==0.17.0 
# netCDF4 version==1.5.8
# hdf5 version==1.10.6
import xarray as xr          # xarray version==0.17.0 
import netCDF4 as nc         # netCDF4 version==1.5.8
import hdf5
da = xr.open_dataset('F:/modis_chla.nc')    # 2003-2022 monthly资料
chl = da['chlor_a']          # chl[Time=300|Lon=960|Lat=1200]
# =========以下会报错
chl[0,:,:].plot()
# 甚至当我只想读出一个格点的数据时，也会出错
print (chl[0,0,0])

二、网上查询解决方法

1. 文件路径问题

https:// blog.csdn.net/kyzy_0018 127/article/details/116714753

文中提到文件的路径有中文字符，读取出现解析问题。

但事实上文件解析过程没有问题，变量 da 和 chl 都可以print，只是数据无法提取。

2. netCDF4版本问题

https:// blog.csdn.net/qq_393522 01/article/details/113665368

文中认为netCDF4版本有问题，将netCDF4 version==1.5.5.1降为netCDF4 version==1.4.0之后，问题得到了解决。

我并没有这样做，因为Python3.9无法兼容netCDF4 version==1.4.0，难以评定。

3. h5py包

https:// github.com/Unidata/netc df4-python/issues/653

文中提出解决方案，但是我没有成功，而且这种import顺序应该并没有任何影响

## 调换h5py和netCDF4 的import顺序
import h5py
import netCDF4

文中还提到可能的原因来自HDF5 c library，但没有解决方法。

4. HDF5的问题

https://www. likecs.com/ask-594179.h tml

文中认为是HDF5的版本问题，需要改变文件系统读写，代码如下

import os
os.HDF5_USE_FILE_LOCKING=FALSE

但是并无用处。。。

三、最根本的解决方案

在读取nc文件之后，不要急着读取变量信息，写入以下代码

import netCDF4 as nc
with nc.Dataset('F:/modis_chla.nc') as f:
    # chlor_a是f文件中的某个变量variables
    f['chlor_a'].set_collective(True)        # chl[Time=300|Lon=960|Lat=1200]

而且，不论是用xarray还是netCDF4去读取变量，碰到文中报错都可以写这两行代码，例如：

import netCDF4 as nc