宏基因组主要研究微生物群落的组成及功能情况，简单来说，就是群落有什么微生物以及它们能做什么。物种注释是实现这些研究的关键分析步骤。

利用宏基因组数据进行物种注释的方式有多种，总的来说可以分为 两大类：

基于特殊基因片段注释；

基于广泛基因组序列注释。

不同的注释方法会影响物种注释率、分类水平高低、注释准确率等关键指标，同时对分析流程来说，不同分析方法还会关系到其分析时间、资源消耗、系统兼容性等多种问题。因此，对于复杂的宏基因组研究来说，挑选合理的技术进行物种分析至为关键。

图1. 物种注释方法分类

众所周知，宏基因组测序中包含大量16srDNA数据，我们可以通过专门软件提取这些数据，进一步对16s数据进行OTU聚类，最后根据silva等数据注释物种信息。这种分析方法实际上是基于特殊基因片段注释的一种。

虽然理论上可这么操作，但实际上由于宏基因组测序深度不足等问题，这种方法的物种检测率并不十分稳定。

现在不少分析通过组装获得基因片段，然后将基因比对NR数据库方法进行注释，这种基于蛋白比对的方法虽然注释率相对较高，但在定量上会存在大量问题，因此也会干扰物种分析，同时这种方法也会受组装结果的影响，因此注释准确性也有待提高。

那是否有不受组装影响也能提高注释准确率的方法？

答案是肯定的，现阶段一些基于reads的注释方法是一个不错的选择。利用reads在数据库中检索，我们能快速准确地注释物种，不但能够提高准确性，还能提高分类的精确度。

如果想要进一步了解宏基因组的这些物种注释方法的特点，以及如何为物种分析选择准确的方法，可以关注我们的第47期在线课堂《宏基因组物种注释方法介绍》。

1. 宏基因组物种注释重要性讨论

2. 各种物种注释方法的比较与选择

3. 宏基因组物种分析注意事项

2018年的第1期 OmicShare 在线课堂（ 第 47 期 ）将于 1月18日 （ 下周四 ）16:00 准时开始，大家可以通过点“ 阅读原文 ”或 基迪奥生物 微信公众号底端菜单栏 “ 在线课堂 ” 报名，也可以加入生信交流QQ群（ 群号： 659344871 ）交流讨论~ 返回搜狐，查看更多