利用sobtop生成有机小分子GTP的拓扑文件

0、前言

基本原理: “对那些适合谐振势描述的bonded项（键长、键角、 不可周期性旋转的刚性 二面角），而且GAFF力场里没有适合参数，而且文献里也找不到合适的参数的情况，才有必要自己用Hessian算力常数。分子有柔性的可旋转的二面角，若计算力常数而把这样的二面角用谐振势来描述，二面角还怎么旋转？分子的柔性特征还怎么体现？而且GAFF对于普通有机分子就已经描述得挺好，直接让Sobtop按照苯甲酸甲酯的例子指认GAFF的参数就完了”（引自 Sobtop ）

因此我参考例2 ，用GAFF力场计算GTP的力常数，电荷参数使用Multiwfn算RESP或RESP2(0.5)原子电荷添加进itp中的[ atoms ]部分。GAFF产生的GTP拓扑参数与amber14sb产生的蛋白拓扑文件应该是兼容的。

一、安装计算RESP电荷的ORCA软件

选择orca_5_0_3_linux_x86-64_shared_openmpi411.tar.xz和openmpi411版本下载

二、安装Multiwfn软件（最新版本3.8）

补充：查看cpu信息

# 总核数 = 物理CPU个数 X 每颗物理CPU的核数 
# 总逻辑CPU数 = 物理CPU个数 X 每颗物理CPU的核数 X 超线程数