openbabel

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虚拟筛选离不开分子对接，分子对接离不开分子文件，分子文件的处理离不开openbabel
这个软件开源，不需要收取任何费用，支持win以及linux。用的熟了之后要比某些收费的软件更方便。
文献链接： https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/1758-2946-3-33
这条鱼支持SMILES，PDB，MOL2，SDF等等110种化学分子格式文件，其中绝大部分都是可以相互转换的，例如1维的SMILES转化为2维或者3维的MOL2等等，加全氢原子，或者极性氢原子，分子能量最小化处理。
同时可以计算分子指纹，比较分子相似度，例如：MACCS，ECFP系列，FCFP系列，FP系列
此外还可以计算一系列的2D，3D分子描述符。
总之挺齐全的，足够满足小分子的处理工作。

在添加环境变量之后win命令行端进行操作，linux的操作同样，windows下也有可视化的点击界面，不用担心，我只是嫌太慢。

obabel 10.smi -osdf -O 10.sdf --gen2D --AddPolarH
#将10.smi转化为sdf格式，3D，氢极性（默认是全原子）
看下转化出来的10.sdf，就是了