from rdkit import Chem mol = rdkit.Chem.rdmolfiles.MolFromPDBFile('CHEMBL519111.conf1.pdb') SMILES = Chem.MolToSmiles(mol)

完了可以用这个网站画一下SMILES

http://cdb.ics.uci.edu/cgibin/Smi2DepictWeb.py

from rdkit .Chem import Draw from rdkit .Chem import AllChem mol=AllChem.MolFrom PDB File('mol. pdb ')#将 pdb 表示分子 转 换为mol对象 mol Smiles =Chem.MolTo Smiles (mol)#将mol对象 转 换为 smiles Convert 使用 说明:可以批量 转 化各种格式的分子 文件 ，像mol2,sdf, pdb 等等。 实现的了分子名称的对应 转 化的目标，如a.mol2 转 化 成 sdf格式后变 成 a.sdf,以此类推。 实现了目录独立性，不要再去粘贴convert.exe的 文件 了。 可以设置系统的环境变量 文章目录先把 pdb qt 文件 转 成 pdb Anaconda 安装Openbabelpip 安装 Openbabel然后把 pdb 转 成 SMILES 先把 pdb qt 文件 转 成 pdb Anaconda 安装Openbabel conda install -c conda-forge openbabel pip 安装 Openbabel pip install openbabel 将 pdb qt 转 成 pdb babel -i pdb qt /home/zdx/XXX. pdb qt -o pdb /home/zdx/XXX. pdb 您可以 使用 RDKit 的MolFromMolBlock函数读取分子数据，并 使用 MolTo Smiles 函数将其 转 换为 SMILES 字符串。如果您需要对分子坐标、原子名称和键信息进行处理，您可以 使用 RDKit 的其他函数和功能。例如，您可以 使用 GetAtomWithIdx函数读取分子中单独的原子，以便进行编辑。请注意，上面的代码将从MolBlock格式读取分子数据，然后 使用 MolTo Smiles 函数将其 转 换为 SMILES 字符串。您可以根据需要调整分子数据和代码。 from rdkit import Chem from rdkit .Chem import Draw from rdkit .Chem.Draw import IPythonConsole IPythonConsole.ipython_useSVG = True peptide_ smiles = Chem.MolTo Smiles (Chem.MolFromFASTA("RGDfK")) print( 在 使用 rdkit 解析 pdb 文件 的时候遇到了一个问题，我是 使用 zdock生 成 的decoys集，里面的某个蛋白质的decoys数据集都有问题，找了半天，终于找到原因了。 完整的错误是这样的： Post-condition Violation Element ‘A’ not found Violation occurred on line 91 in file /tmp/pip-req-build-tzcdahwp/build/temp.linux-x86_64-3.7/ rdkit / rdkit /Code/Grap from rdkit import Chem from rdkit .Chem import Draw from rdkit .Chem.Draw import IPythonCon... smi = 'CCC/C=C/CC' m = Chem.MolFrom Smiles (smi) Chem.MolTo Smiles (m, isomeric Smiles =False) ‘CCC=CCCC’ smi = 'CCCC[C@@H](I)C' m = Chem.MolFrom Smiles (smi) Chem.MolTo Smiles (m, isomeric Smiles =False) ‘CCCCC(C)I’