现任：数学智能应用实验室（MIALAB）负责人（http://ims.ruc.edu.cn/displaynews.php?id=51），北京结构生物学高精尖中心合作研究员，数学学院学位委员会委员、师德建设监督委员会委员。
2017-2019年是哈佛大学数学中心丘成桐先生的访问学者。
2009-2010年是IBM公司高性能计算的访问学者。
在生物信息学方向科研和教学包括构建数学模型、开发计算方法和应用它们来研究多体超大蛋白质相互作用复合物的结构、网络和动力学等；在机器学习方向利用深度学习和大数据方法设计新的算法框架解决生物大分子和医疗图像的计算；在广义应用数学上还开发计算模型和算法来用于环境、经济、新闻、社会等领域。
已经发表的SCI学术论文有60篇，包括理论模型、计算方法和生物应用三部分，发表的杂志包括Nature、Science、PNAS、Cell Research、Proteins和Science in China等学术刊物，论文被引用次数已超过2300多次，H指数22。
承担国家自然科学基金面上项目、中国人民大学科学研究基金、国家重点实验室合作项目、国家自然科学基金重点集成项目子课题。
发表论文：详见学术网页 https://www.researchgate.net/profile/Xinqi_Gong和数学科学研究院网页http://ims.ruc.edu.cn/displaynews.php?id=51。
运筹学会计算系统生物学分会理事，中国计算机学会高级会员、生物信息学专业委员，第一、二届中国计算机学会生物信息学大会程序委员，第十、十一届国际系统生物学与生物信息学大会程序委员，2015年11月在中国人民大学负责举办全国生物信息学与计算生物学大会。
讲授本科的高等代数、数学软件的原理与实践、随机优化和研究生的生物信息学前沿专题、学术论文写作规范与方法等课程。
中国人民大学2018年优秀课外指导教师、2017年十佳班主任、2016年优秀班主任和优秀学生军训工作者。
