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由于生物信息早期最多用的语言是perl,因此不可避免就要用别人的perl脚本或者基于perl的项目来处理数据。
使用perl脚本和使用其他编程语言的脚本没啥不同,毕竟你只要传入参数,它就能给你结果。因此对于我们这些不用perl写脚本,只需要调用的人而言,唯一要学会的事情就是**如何安装perl的模块”。
关于perl模块安装,最古老的方法就是使用
perl -MCPAN -e shell
或者是
cpan
(两者等价),这也是我最先接触的方法,这里介绍如何使用
local::lib
和
cpanm
实现非root权限安装perl模块。
使用系统自带的perl
安装任何软件最怕遇到的问题就是权限问题,因此我们需要先安装
local::lib
,使得我们能够将perl模块安装到任何地方,简单的说就是安装到我们的家目录下
第一步,下载源代码进行编译安装
wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/H/HA/HAARG/local-lib-2.000024.tar.gz
tar xf local-lib-2.000024.tar.gz
cd local-lib-2.000024
perl Makefile.PL --bootstrap=~/opt
make test && make install
第二步:设置环境变量,使得perl在安装模块的时候会优先使用我们指定的路径
echo 'eval "$(perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt)"' >> ~/.bashrc
先用perl -I$HOME/opt/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/opt
表示运行前先添加$HOME/opt/lib/perl5
到自己的搜索路径@INC
中,然后传入参数$HOME/opt
执行模块local::lob
,这个模块的执行结果会输出如下内容
Attempting to create directory /home6/wangjw/opt
PATH="/home/zgxu/opt/bin${PATH:+:${PATH}}"; export PATH;
PERL5LIB="/home/zgxu/opt/lib/perl5${PERL5LIB:+:${PERL5LIB}}"; export PERL5LIB;
PERL_LOCAL_LIB_ROOT="/home/zgxu/opt${PERL_LOCAL_LIB_ROOT:+:${PERL_LOCAL_LIB_ROOT}}"; export PERL_LOCAL_LIB_ROOT;
PERL_MB_OPT="--install_base \"/home/zgxu/opt\""; export PERL_MB_OPT;
PERL_MM_OPT="INSTALL_BASE=/home/zgxu/opt"; export PERL_MM_OPT;
这些就作为eval
的参数进行执行,也就是说你重启终端后后,PERL5LIB
PERL_LOCAL_LIB_ROOT
,PERL_MB_OPT
,PERL_MM_OPT
这几个变量就会重新设置,以此保证你后续安装perl模块时,会优先安装到自己的选择的目录
第三步:安装cpam. 由于之前已经配置了local::lib
,因此perl编译的工具都会默认安装到~/opt
目录下
wget https://cpan.metacpan.org/authors/id/M/MI/MIYAGAWA/App-cpanminus-1.7043.tar.gz
tar xf App-cpanminus-1.7043.tar.gz
cd App-cpanminus-1.7043
perl Makefile.PL
make test && make install
第四步:使用国内镜像提高下载速度,可以通过别名的方式实现
echo 'alias cpanm="cpanm --mirror http://mirrors.163.com/cpan --mirror-only"' >>~/.bashrc
之后便可以使用cpanm Module::Name
安装任意的软件了。
自己编译一个perl
自己编译Perl的好处就在于之后的perl模块都会安装到自己的Perl目录下,而不会对系统造成影响。
cd ~/src
wget -4 http://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.26.1.tar.gz
tar xf perl-5.26.1.tar.gz
cd perl-5.26.1
./Configure -des -Dprefix=$HOME/opt/sysoft/perl-5.26.1
make test
make install
然后用perl -e '{print "$_\n" foreach @INC}'
会发现perl只会在自己的目录~/opt/sysoft/perl-5.26.1
下查找模块。那么使用cpanm Module::Name
安装的任何包都只会安装到~/opt/sysoft/perl-5.26.1
下,你也不需要安装local::lib
了
conda的perl和系统的perl冲突
有一次我遇到这个问题
perl: symbol lookup error: /home/wangjw/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/auto/Cwd/Cwd.so: undefined symbol
这个问题显然我用系统perl安装的软件被conda的perl有限查找到导致,用perl -V
和perl -e '{print "$_\n" foreach @INC}'
可以发现conda的perl查找路径低于我为系统perl安装的路径,解决方案如下
export PERL5LIB=""