前言

Shell就是一个命令行解释器，它的作用是解释执行用户的命令,用户输入一条命令,Shell就解释执行一条,这种方式称为交互式(Interactive)。Shell还有一种执行命令的方式称为批处理(Batch),用户事先写一 个Shell脚本,其中有很多条命令,让Shell一次把这些命令执行完。Shell脚本和编程语言很相似,也有变量和流程控制语句,包括循环和分支。本文介绍的是编写shell脚本来循环处理文件。

下面通过一个实例演示如何读取文件名包含_UMR的文件，并使用intersectBed处理文件。

​ ​ intersectBed取交工具链接 ​ ​ ：

j=1

for shname in `ls *_UMR` #循环当前目录下含_UMR的文件名

do

file[$j]="$shname" #将读取到的文件名放进数组file

if [ $j == 1 ]; then #if开始

echo $(intersectBed -a ${file[1]} -b $shname > `expr $j + 1`)#$(命令行)或``反单引号，expr 表示后面要对$j进行运算。

else

echo $(intersectBed -a $j -b $shname > `expr $j + 1`)

fi #if结束

j = `expr $j + 1`

done