有一天五代火影纲手派鸣人、小樱、佐井、
大和
老师在“楼兰”执行任务。
那么楼兰是一个什么地方呢？
据说楼兰的废墟中存在着龙脉，代表着无尽的查克拉。
沙影逃忍百足逃到这里，妄想打开之前四代火影波风水门的封印，以控制龙脉。龙脉被四代封印，岂是能轻易打开的！百足为了将封印打开，不顾一切地将四代的封印引入自己身上，试图解开封印。
这时剧变出现了，由于百足强制打开封印，龙脉封印处爆发出巨大的光束，时空发生了逆转！鸣人追过去，脚下地面崩落，被吸了进去，大和老师为了救鸣人也被吸了进去！
失落之塔，失落的过去！鸣人即将寻回！那么究竟发生了什么呢？
话说鸣人一醒来，看到一美女在低声唱歌。这位就是我们的楼兰女王—
萨拉
。一位美女在唱歌，这是什么光景，鸣人醒来就看到了她，随即追上去，美女跑进一扇门，门里有两个傀儡兵直向鸣人袭来，可是一旦傀儡兵冲出门口，鸣人就发现他们都散架了，正要去追逐美女，佳人却已经消失。眼前随即展现出鸣人从未见过的光景。巨大的城市被无数直指九霄的高塔所包围。
忽然，从四面八方袭来无数的傀儡兵，无法掌握现状的鸣人只能继续
战斗
，此时想起之前大和老师所教将查克拉注入苦无可以割断控制傀儡的查克拉线，随即不断使用查克拉刀，但是随着傀儡的数量越来越多，鸣人并陷入苦战，又不幸受伤！
危机关头，被一位戴面具忍者所救。这时，出现了面具忍者的二位同伴，分别使出【部分倍化之术】【虫玉之术】击退了傀儡兵。
我想大家应该猜得到这三位面具忍者是谁了吧？
四代得知鸣人也是来自木叶，便劝说鸣人说他们三位正在进行任务，让鸣人先行撤退。鸣人在离开途中发现这座城市正在进行热烈的庆典，塔楼上楼兰的女王居然就是之前看到的美女！就在这时，美女突然从塔上跌落，鸣人挺身而出搭救了美女，却被美女狂扇耳光！
一问之下，得知此美女名叫萨拉，乃楼兰新任女王，而萨拉居然是被人推下塔的！鸣人嚷嚷着提醒萨拉有人要她的命！
四代一伙出现质问鸣人。鸣人误会他们就是要加害萨拉的幕后黑手，四代即向鸣人解释他们是受命来保护楼兰女王的。
画面一转，回忆道当初得到此任务前的场景：
四代任务前来到一乐拉面馆，由于当天拉面半价，人数爆多，水门正在犹豫要不要排队的时候，被
自来也
拉去。自来也告诉水门自己短时间内就练成水门花费三年自创的螺旋丸，一阵得意，水门随即夸赞自来也老师~
此时一乐拉面馆门前有几个人也在排队，是少年的【
卡卡西
】【凯】【静音】【阿斯玛】正焦急的等待，三人十分不爽卡卡西，卡卡西见到水门便迎上去
毛遂自荐
说要出任务。之后三代交付任务的时候，除了秋道和油女，水门还推荐当时的天才少年卡卡西入队。
话说镜头一转又回到过去的楼兰，四代见鸣人不愿离开，也不再强求，让他加入进来共同负责执行任务， 对了四代终于摘下面具露出面部，鸣人想起来颜面石有点吃惊，之后四代开始分析现状和分配任务，原来这是距离鸣人 的时代20多年前的楼兰，百足早鸣人6年来到了楼兰，成为了当时楼兰的大臣，并劝说当时的女王（萨拉她妈）使用龙脉的力量和自己的傀儡术将楼兰发展壮大，对了补充一句，萨拉的家族拥有操控龙脉的能力，这也是她们能成为女王的原因。
萨拉的妈妈采取了安禄山的建议，若干年后楼兰成为了群塔林立，繁荣鼎盛的大国，而这时萨拉的妈妈猝死。
萨拉正准备继承妈妈遗志，成为新的女王。然后四代说他们的任务是来阻止安禄山利用龙脉的力量发展傀儡军团，危害大国的利益。
这和鸣人的任务不谋而合，但萨拉听到自己的
顾命大臣
是个野心家，当然一时无法接受，便独自跑回宫殿，想要问个究竟，四代也吩咐鸣人，让他保护好萨拉，其他任务由自己完成。其中针对四代的相貌鸣人好像有话要说，但时间紧迫，必须要去追跑掉的萨拉，鸣人也只要欲言又止。
萨拉回到宫殿还没来得及找到安禄山便被人拉进了黑屋。.... 一群蒙面人向她袭来，不过这些人好像十分胆小，怯生生的不敢多说话，这时鸣人赶到救下萨拉，发现这些人都是楼兰百姓，来找女王是询问自己丈夫哥哥 爸爸的下落，并声称是女王下令带走了他们就没有了音讯。萨拉矢口否认自己做过这种决定，并答应帮忙寻找她们亲人的下落。 众人来到塔下，盛装游行还在继续，百姓也在不断欢呼，萨拉感慨百姓都如此爱戴国家，国家怎么会发生这种事呢，马上遭到了众百姓的反驳，大家即将不欢而散之时，鸣人发现了蹊跷用查克拉刀斩断了上面管道上的查克拉线，原来 下面欢呼的百姓都是傀儡，是被查克拉线操纵的，众人大惊，这时塔顶上出现了一位女王，竟然也是傀儡道具。萨拉感到事态严重，向管道的集中地动力塔跑去，鸣人也随后紧追。在鸣人的帮助下萨拉终于来到了塔底层，发现了被作为奴隶 不断劳役的失踪的百姓们，这时安禄山也出现，讲述了实情，原来他先是取得了前任女王的信任，得到龙脉的力量，不断发展傀儡军团，而后被女王发现就设计杀害了萨拉的妈妈，现在傀儡军团已经完成，他要除掉萨拉，继续利用龙脉， 进而完成摧毁五大国的梦想。话已经说清，接下来就是开打了，鸣人还是影分身螺旋丸齐发，但安禄山的傀儡军团数量众多， 而且利用龙脉的力量可以不断复活，不一会儿鸣人就有点抵挡不住，被巨大的傀儡包裹其中，被吸收了查克拉，不能动弹，这时安禄山想要先除掉萨拉，化为一只傀儡蜘蛛向她逼近。鸣人使出九尾查克拉突破了巨大傀儡，给了安禄山重重一拳，但 亦然被对方超速再生。
关键时刻四代等人赶到，小卡卡西也用爆炸符奋勇攻击，(这时他还没有带土的眼睛呢)，萨拉也利用控制龙脉的力量 停止了动力室的能源供应，众人暂时击退了安禄山，开始商量下一步对策，萨拉决定带大家去广场，那里在群塔的中心，可以利用高塔来做掩护，保证大家的安全，鸣人等人留下作掩护，大家开始分头行动，这时安禄山的巨大傀儡又复活了， 凭借巨大的力量再次向大家袭来。鸣人的螺旋丸+影分身继续应对，但效果不佳，只是一个劲的挨打。同时也出乎萨拉的预料，安禄山用巨大傀儡冲破高塔，向萨拉等人袭来，鸣人虽奋力抵挡，但最终也是败下阵来，关键时刻又被四代所救，算是捡回了 一条命。而萨拉也被安禄山的查克拉线控制，险些丧命，面对如此险境以及自己母亲被杀，和自己被作为傀儡操纵的事实，
萨拉内心不断斗争，最终她下定决心，要拯救百姓完全关闭龙脉，为表决心她割掉长裙，卷起头发，（难道也因为天热？不过很养眼。）
带着百姓们向开始时的那个地方奔去，原来那里就是龙脉龙眼的所在，鸣人和四代为保护她跟随而去，丁次志乃两位老爸留下挡住巨大傀儡，拖延时间。
志乃老爸用出虫子狂玉包围并吞噬巨大傀儡的查克拉，丁次老爸吃掉兵粮丸，全身倍化重击安禄山，但对面拥有超速再生的对手，任何攻击都不足为惧，两人最终没能挡住巨大傀儡的冲击，败下阵来，安禄山继续追赶萨拉而去，四代看情况不妙，使出手里剑分身术暂时挡住傀儡，让鸣人等人快去关闭龙脉。
不愧是四代，面对拥有龙脉查克拉的对手，也能发现他的弱点，但无奈对手的超速再生，最后也只能被迫撤退。
此时萨拉想起楼兰之内有一个地方不受龙脉力量的影响，那就是……
大家还记得鸣人一开始醒来的地方吗？有一扇门，傀儡兵过了那扇门就完全丧失了力量！没错，那就是萨拉要带大家去的地方！当萨拉好不容易带领众人来到此地，却发现开门的机关由于安禄山所变的大蜘蛛的破坏，已经打不开了……
另一边，鸣人不断使出多重影分身和螺旋丸牵制安禄山，但始终因为安禄山的无限查克拉，鸣人的影分身不断地被打到在地，连鸣人拼了命使出的风遁·螺旋影手里剑也被安禄山吸收了进去，真是危机重重啊……
再说这边，萨拉因为打不开机关，众人的安危得不到保障，也是万分紧张，她手里紧抓着鸣人所给的手里剑，众人在一旁不断鼓励着萨拉。这时奇迹出现了，手里剑上出现了查克拉，萨拉将查克拉刀使劲插入门的机关，在众人的帮助下，门，打开了！待众人安全抵达门外，萨拉却仍站在门内，她要留下！留下关闭龙脉，不能再让安禄山猖狂下去了！
与此同时，鸣人那边，被吸尽查克拉的鸣人已经无法再凝聚查克拉使出风遁·螺旋影手里剑之术了，就在这危机关头，咱们英勇的四代再次出现，之前看到鸣人使用螺旋丸而微微惊讶的四代提出他可以帮忙。可螺旋丸是只有鸣人的师父好色仙人和四代才会的招数啊！就在鸣人疑惑之际，四代聚集了N多查克拉在鸣人手上，帮他制造螺旋丸的同时，自己也制造了一个螺旋丸，并且说了一同查克拉的理论，最后父子二人的螺旋丸相融合，形成了新的合并大招。四代抽身对安禄山使出手里剑影分身，暴露出安禄山的弱点，鸣人抓紧时机使出了父子双剑合璧的大招【
太极螺旋丸
】！
终于！！安禄山被灭掉了！
此时，萨拉也成功关闭了龙脉，安禄山无法再次快速再生，但他仍然死不瞑目，将仅剩的查克拉胡乱释放使得龙脉爆走，建筑物不断崩塌，大家身处险境。这是四代提出只有彻底封印住龙脉才能脱离险境，平息暴走。四代叫鸣人拿出之前交给鸣人的四代专用手里剑插入龙脉之中，将龙脉封印！这时，建筑物崩塌使众人跌下塔楼，危机关头，姗姗来迟的大和一招木遁，大树林之术将大家送回封印台，并和少年卡卡西来到大家面前。寒暄过后，小卡卡西说是自己救了大和，大和终于按耐不住长久以来的怨气，给了卡卡西一爆栗，说道，“之前常常被你欺负，现在忍不住就......！”这时四代说，为了不引起历史的紊乱，必须消除大家的记忆，再各自回到原来的世界，鸣人抢话道，说是有话必须与四代说，四代打断了他，说以后一定还有机会，并且说：“要是我有儿子的话，长大后一定和你一样……”这样，鸣人与大和就回到了原来的世界。
小樱和佐井看到的便是封印台旁的失去意识的鸣人与大和，发现两人什么都不记得了，大家一同为莫名完成的任务边欢呼边离开了废墟。这时一位与萨拉长得极为相像的少女带着一把手里剑说是母亲留下的遗物，因为龙脉力量骚动而过来探探，那遗物居然就是鸣人的查克拉剑，“虽然楼兰在战乱中成了废墟，但人民的支持让大家活得很好！”少女骄傲的话语伴随着主题曲【IF】，剧场版也进入了尾声……
