3. 将表格文件读入R语言，成为数据框

read.csv() ——通常读取csv格式
read.table() ——通常读取txt格式

直接读取文件失败，就需要指定一些参数.
eg: read.table() 中的 header=T 表示读取文件的列名，默认是 header=F
read.csv() 中 header 默认是T；
row.names = 1 把第一列设置为行名；
check.names = F 防止列名发生改变？
comment.char = "!" 指出以什么字符开始的是文件的注释，这里指出以！开始的是注释

4. 将数据框导出，成为表格文件

(1) 导出为csv格式： write.csv()
write.csv(test, file="example.csv")
test是要导出的数据框的变量名，"example.csv"是导出到的文件名
write.table(test, file="example.csv", sep=',') 与上面的方法等价

(2)导出txt格式： write.table()
write.table(test, file="example.txt")

处理数据流程：读取---->编辑修改---->导出
注意：最好不要覆盖原文件（让代码可重复，数据可重现）

5. R特有的数据格式：Rdata

是R语言特有的数据存储格式，无法用其他软件打开

保存的是变量，不是表格文件，所有不涉及赋值


    save()

保存，


    load()

加载

save(test, file="example.Rdata")
load("example.Rdata")
注意：save()中的形参file必须要写，保存多个变量的格式save(ex1, ex2, file="tempt.Rdata")
Rproject的组织形式：

(1)脚本(.R)

(2)数据(.Rdata)

(3)表格(.txt or .csv)
常见报错：找不到文件

可能的原因：

(1)原因1：文件没有存放于工作目录下（解决：Rproject）

(2)原因2：拼写错误(解决：用tab自动补齐)
注意：默认参数不适用于当前读取的文件也会报错
查看数据结构：class()

查看数据类型：str()
R语言能读取的文件格式

(1)通用格式

csv, xls, txt, tsv, json, pdf, spss...

(2)生信格式

fasta, fastq, bam, vcf, bed, gtf...
用于读取/导出文件的R包

(1)base包中

读取：read.table(), read.csv(), read.delim()

写入：write.table(), write.csv()

(2)readr包中

读取：read_table(), read_csv(), read_tsv()

写入：write_table(), write_csv()

(3)data.table包中

fread()

(4)rio包中

读取：import(), import_list()

写入：export()
library(rio)    #读取和输出xlsx文件非常好
x <- import("ex2_B cell receptor signaling pathway.csv")   #按照后缀识别文件
View(x)
export(x,"ad.xlsx")
#import_list() 可以读取多个工作簿