昆虫线粒体基因组——组装、注释

天火三玄变

透过手指间看天

昆虫线粒体基因组特点：

昆虫线粒体基因组大小一般在15000bp上下，不同种昆虫线粒体基因组大小等方面具有差异。其线粒体基因组一般包括（仅供参考）：

13个蛋白质编码基因（PCGs）：ND1、ND2、ND3、ND4、ND4l、ND5、ND6、COX1（COI）、COX2、COX3、ATP6、ATP8。

22个tRNA基因（较短，每个大小在50bp左右）：trnP、trnI、trnY、trnT、trnV、trnW、trnS1、trnQ、trnS2、trnM、trnL2、trnK、trnD、trnG、trnN、trnE、trnH、trnA、trnF、trnL1、trnR、trnC.

两个蛋白质编码基因：16S（rrnL）、12S（rrnS）。

此外还具有富含AT的一段控制区以及其它非编码区。

昆虫线粒体基因组组装：

组装线粒体基因组的软件有很多，这里介绍MitoZ、Mitofinder、MEANGS、NOVOPlasty。

MitoZ

下载和使用说明： linzhi2013/MitoZ: MitoZ: A toolkit for assembly, annotation, and visualization of animal mitochondrial genomes (github.com)

MitoZ截至2023年3月7日更新到了3.4，使用之前可用h/help命令查看帮助文档，MitoZ有不同运行模式，包括：组装、注释、或者全都要。

eg：

nohup python3 /home/curry/ZWZJ/mitoz-3.4/mitoz/MitoZ.py \
all --genetic_code 5 --clade Arthropoda --outprefix ZWZJ \
--thread_number 4 --fq1 /home/curry/ZWZJ/ZJ20010.clean.R1.fastq.gz \
--fq2 /home/curry/ZWZJ/ZJ20010.clean.R2.fastq.gz --fastq_read_length 150 \