我正在尝试使用Scanpy Python软件包来分析一些单细胞数据。我把一个计数矩阵（一个.tsv文件）作为一个Pandas数据框架读进去，其中基因是列，行是不同的细胞。每一行都包含单细胞的不同基因的计数。我想从Pandas数据框中创建一个AnnData对象......有谁知道我如何做到这一点吗？不幸的是，我不能提供数据集。
如何从pandas数据框计数矩阵中创建AnnData对象？
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Code42
：
This Github issue might be worth following up
github.com/theislab/anndata/issues/67
AyeTown
发布于
2020-12-03
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Jafar Isbarov
发布于
2021-09-23
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你可以这样把你的DataFrame
df
转换成AnnData
adata
。
adata = anndata.AnnData(X: df.iloc[1:,1:],
obs: df.iloc[:,0:1],
var: df.iloc[0:1,:])
但是你并不真的需要这样做。相反，直接将tsv文件读入一个AnnData对象。
with open("your_tsv_file.tsv") as your_data:
adata = anndata.read_csv(your_data, delimiter='\t')