Linux命令中有一些常用符号，看到时不一定好查询它们的功能和含义，这里列举一些常见的符号和解释，欢迎大家补充完善。

| : 管道符，在两个相邻命令之间传递数据；如 ls | head 把 ls 命令的输出传给 head 命令，只显示前10个文件/文件夹。

* : 通配符，通常用于匹配任意字符串，如 ls *.fq.gz 匹配当前目录下所有后缀为 .fq.gz 的文件，前缀可以是任何字符。

~ : 波浪线，指代家目录。键盘左上角 ESC 下的按键，配合 Shift 输入。

. : 通常指代当前目录，如 ./run.sh 运行当前目录下的 run.sh 脚本； multiqc -d . -o multiqc 对当前目录下的文件执行 multiqc 汇总。

../ : 表示上一层目录。

> : 输出重定向。 ls > filename 把 ls 的输出结果写入文件 filename 。具体见 Linux学习 - 管道、标准输入输出 。

< : 输入重定向。 paste <(ls *_1.fq.gz) <(ls *_2.fq.gz) 把两个 ls 命令的输出传递给 paste 作为其输入。具体见 Linux学习 - 管道、标准输入输出 。

^ : 用于正则表达式中表示以什么开头。 grep '^>' test.fa 获得所有 > 开头的行，也就是FASTA文件的名字行。 sed 's/^>//g' 替换开头的 > 为空，第一个和第二个 / 之间的为被替换的内容，第二个和第三个 / 之间的为要被替换成的内容。

注意 ： grep '>' file 和 grep > file 的区别。可以看看 朴实无华的4条致命命令！ 还有什么。

` : 反引号，键盘左上角 ESC 下的按键。 `ls` 表示运行 ls 命令并捕获其输出。

$(ls) : 等同于 `ls`， 表示运行 ls 命令并捕获其输出。与把命令括在反引号中基本相似，但更推荐使用。新学习时可直接使用此种方式。

; : 多条语句写在一行需要加分号分割。如 for samp in `tail -n +2 sampleFile | cut -f 1`; do ${samp}_related_things; done 用分号分割开3个语句。循环 `tail -n +2 sampleFile | cut -f 1` 的输出并进行一系列样品相关的操作。

\t : TAB键

\n : 换行

$ 或 ${} : 用于获取变量的值。如上面的 ${samp} 。加和不加 {} 的通常无区别，但在一些情况会导致变量名字识别出错。如 ${samp}_related_things 表示获取变量 samp 的值，而 $samp_related_things 表示获取变量 samp_related_things 的值。

\r 或 ^M : 回车符; ^M 的输入方式是 Ctrl+v;Ctrl+m ; 通常 windows 下的文件拷贝到 linux 系统上，需要执行 sed -i s/\r//g file 去掉末尾的回车符。

awk 中的 $0, $1 : $0 表示整行， $1 表示当前行第一列， $2 表示当前行第二列，以此类推。

'' 与 "" ：单引号和双引号通常混用，但双引号中的变量可以获取其值。

& : 把程序放到后台运行，具体见 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？ 章节。

\\ : 通常是转义符，把特殊变量转义为普通字符，如 ${HOME} 表示获取家目录， \${HOME} 就是一个字符串 ${HOME} 。 \\ 用于行尾时表示该行命令还未结束，后面还有跟随的命令语句，常用于命令太长一行写不下时。

a="a value" : 等号用于bash中变量赋值时，前后都不能有空格。

<< : 表示读入数据，具体见 Linux学习 - 管道、标准输入输出 。

更多Linux知识见： 这个为生信学习打造的开源Linux教程真香！！！

10000+： 菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑

系列教程： 微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组

专业技能： 学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人

一文读懂： 宏基因组 寄生虫益处 进化树

必备技能： 提问 搜索 Endnote

文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析： 图表解读 分析流程 统计绘图

16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun

在线工具： 16S预测培养基 生信绘图

科研经验： 云笔记 云协作 公众号

编程模板: Shell R Perl

生物科普: 肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读 《如何优雅的提问》 学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读

Linux命令中有一些常用符号，看到时不一定好查询它们的功能和含义，这里列举一些常见的符号和解释，欢迎大家补充完善。|: 管道符，在两个相邻命令之间传递数据；如ls | head把ls命令... 前面介绍了如何从sra文件得到fastq文件，并利用fastqc、multiqc生成质控报告以及使用trim_galore去除低质量碱基，如何进行序列比对。 [ Linux |生信]project4_01:批量下载sra文件并转化为fastq文件 [ Linux |生信]project4_02:质控过滤 [ Linux |生信]project4_03:序列比对 今天介绍如何将序列信息进行定量，用于后续数据挖掘。 Just Do It! gtf=$HOME/Project4/source_data/cle 经过前面一系列的学习，相信你已经对 Linux 的很多基本操作都很了解了，比如cd、ls；使用Vim编辑器也越来越顺；还会用一些简单的高级工具，比如htop和ncdu；了解了一些目录管理的实践方案；甚至已经安装了第一个Docker应用Ward面板。 我觉得，现在你基本已经入门 Linux 了。以后的路要自己走了。记得好好地利用Google和Github! 这里再助攻一波，发一个我玩 Linux 以来，我觉得比较实用的 命令 。你在学习 Linux 的时候，也应该专门建立一个markdown文件记录一些你常用的 命令 ，然后时 第五条：pwd查看我在哪 第六条：uname -a 查看内核信息 第七条：echo +(打印的东西) 打印什么东西，注意 linux 中 用$来调用变量在window 中 用%变量%来调用变量 第八条 clear ，清空，window 中 用cls 第九条 history查看所有    通常用来表示引用一个字符串，有时能屏蔽一些标点等特殊字符， 命令 中 使用双引号时，一般表示引用部分是不可分割的整体  （1）屏蔽特殊字符  如果在 命令 中 使用一个比较长的字符串作为参数，通常应该将这些字符串放入双引号内，避免 Shell 对字符串 中 的某些字符产生误解